Из твоего вопроса не понятно, что ты конкретно хочешь...

CLEAR EVENTS закрывает программу...

Вот один из способов контроля двойного запуска программы.
m_hWnd1 = FindWindow(0,"<Имя окна>")
IF m_hWnd1 # 0
MessageBox("Программа уже запущена!"+CHR(13)+"...зачем ее запускать дважды...",0+32+0,"Запуск")
QUIT
ENDIF

.....

Установи атрибут на файл "срытый, системный...". А физически с диска его никак не уберешь. Прога в памяти сама по себе не живет.
Попутный вопрос Дя чего? вирус что ли вояишь.

Ну напиши контрол на двойной запуск проги (пример давал уже), а там вместо MESSAGEBOX впиши свой проблемы....

Тогда создай рядом тпа INI файла, где впиши время и дату запуска. А потом уже проверяй, запускалась сегодня программа или нет. Это файл можешь и запихать куда нибудь подальше, например System32 или еще куда.

Батник однопотоковый, он запустит и сразу и удалит, хотя не сможет удалить, если приложение запущено и активно. Впрос что нужно удалять, саму программу или какой другой файл. Если саму программу, то без посторонней проги это не сделать. Нужно по завершении программы запускать другую прогу или батничек, но опять с таймаутом, что бы не сразу, что бы прога успела закрыться... Хотя в среде Виндоса, батники это уже прошлый век, попробуй другой вариант, например планировщик задач.