Если известно имя окна приложения то используй:
DECLARE LONG FindWindow IN Win32API STRING lpClassName,STRING WindowName
например:
lhWnd = FindWindow(NULL,'имя окна открытого приложения')
Далее если получишь 0 - сообщение что приложение не активно,
иначе закрываешь его как тебе советовали выше.

Если имя окна на момент предполагаемого закрытия приложения незвестно точно,
то FindWindow не подойдет - надо искать другие пути нахождения дескриптора окна.
Вопрос:
Приложение, которое ты хочешь закрыть, открывается в твоей программе
или независимо от нее?

Если приложение запускается независимо от твоей программы проверки
и имя окна фактически неизвестно , то надо искать пути определения
твоей программой дескриптора этого приложения.
Например так:
Написать на VFP программу запускающую это приложение.
Запускать приложение через функцию API:
DECLARE INTEGER CreateProcess IN kernel32;
STRING lpApplicationName,;
STRING lpCommandLine,;
INTEGER lpProcessAttributes,;
INTEGER lpThreadAttributes,;
INTEGER bInheritHandles,;
INTEGER dwCreationFlags,;
INTEGER lpEnvironment,;
STRING lpCurrentDirectory,;
STRING lpStartupInfo,;
STRING @ lpProcessInformation
Эта функция при открытии программы возвращает дескриптор процесса
который можно получить разобрав структуру lpProcessInformation
Дескриптор процесса сохранить в любом удобном виде.

Далее понятно - твоя программа проверки проверяет лог и если необходимо
читает дескриптор и закрывает приложение.