Дело в том, что в заголовке таблиц (файлов DBF) записан относительный путь к файлу DBC. В этом случае, при открытии таблицы, командой

USE MyTable.dbf

будет предпринята попытка автоматически открыть и указанную базу данных (файл DBC) по указаному относительному пути.

Если по каким-либо причинам этого сделать невозможно, то Вы и получите указанное сообщение об ошибке.

Т.е. необходимо кроме собственно таблиц (DBF) упаковывать в архив и сам контейнер базы данных (DBC, DCT, DCX) или же класть в архив копии таблиц уже исключенных из базы данных (это можно сделать командой COPY TO ... WITH CDX)