Может быть быстрее как select, так и scan.
Чем более грамотно спроектирована база данных и грамотно написан сам select плюс сам select достаточно простой, - тем больше преимущество у select'а. Но при определенном уровне сложности выборки, выборка вручную может уже быть быстрее. При очень сложных выборках выборка вручную может быть НАМНОГО быстрее, так как человек лучше представляет, какие данные по каким индексам эффективнее всего отсечь в первую очередь и т.д. А select может работать немного не так, как это задумывается разработчиком.
Истина где-то посредине - использовать простые select'ы.