Custom - это НЕ визуальный класс. В данном случае он в принципе не применим

Control - это контейнер, к объектам которого нельзя обратится напрямую.

Т.е. например, ты вставишь в него TextBox1, а затем положишь свой Control на форму. Так вот, попытка обратиться к TextBox1 вида

?ThisForm.Control1.TextBox1.Value

Вызовет сообщение об ошибке, поскольку объекты лежащие внутри объекта Control "не видны" для внешних объектов. Для изменения свойств вложенных объектов необходимо создавать специальные методы объекта Control и извне обращаться к этим методам.

Container - не имеет никаких ограничений на обращение к вложенным объектам извне.

Однако если предполагается использовать этот контейнер внутри Grid, то тем не менее лучше использовать Control.