q1w1e1, очищать надо не компорт, а сам сканер.

Обычно (по умолчанию) в сканер заложено 2 действия подряд, выполняемых при нажатии кнопки считывания кода:
1) собственно считывание кода;
2) генерация символа перевода каретки и строки, благодаря чему каждое новое считывание начинается с новой строки, если считывать в текстовый файл.

Но, возможно, предыдущими пользователями в этот порядок были внесены изменения.

Чтобы вернуть все на место, необходимо перепрограммировать сканер путем чтения определенных штрихкодов из инструкции к нему.

Рекомендую вернуть установку по умолчанию, т.е. чтение кода + перевод каретки и строки.

Проверь также, чтобы перед пользованием сканером фокус ввода стоял именно в том поле, куда нужно считать штрихкод. Иначе сканером будет "нажиматься" бог знает какая кнопка или что еще.

Также рекомендую для считывания кода показывать небольшую модальную форму с единственным полем для считывания кода.

В методе KeyPress этого поля заложи реакцию на Enter, чтобы запоминался введенный код и форма при этом закрывалась. А "Enter", по идее, введет сам сканер сразу после ввода кода, если будет настроен как я писал ранее. Наконец, если пользователь откажется от введения кода, он сам нажмет на Enter, чтобы эту форму закрыть.