men deaВопрос состоит в том, как находить свободные Id для всех этих файлов?
По многочисленным рекомендациям постоянных жильцов этого сайта я понял, что лучше всего открыть еще одну служебную таблицу и там хранить последние использованные коды. Только тема с открытием этой бызы осталась неосвещенной.
Освещалась многократно и с разных сторон. Сделай поиск по этому форуму по ключевому слову "NewId". Но если очень хочется можно вкратце повторить.

men deaЭта таблица открывается с оптим.буферизацией или без таковой?
Без. Эту таблицу вообще не надо буферизировать. В этом нет смысла.

men deaЭту таблицу же нужно локировать перед внесением изменений в остальные базы, чтобы зафиксировать новое значение id для соответствующего файла.
Надо блокировать не всю таблицу, а только ту запись в которой происходит чтение и изменение нового значения id. И только на момент внесения изменений.

men deaКак между собою согласуются Flock и BufferModeOverride ?
Никак не согласуются. Это 2 разных стиля программирования.

men deaИли проще локировать соотв. файл-справочник на момент внесения записи, предварительно запомнив значения полей в каком-нибудь массиве и не открывать эту вспомогательную таблицу?
Нет. Не проще. Зачем тогда тебе буферизация? Да и с многопользовательским доступом начнуться проблемы.