Модальность - это свойство видимой (отображенной) формы. Если форма не видна, то она не может быть модальной. Один из приемов для закрытия модальных форм - это сделать ее невидимой.

Соответственно, если некий "спец.эффект" зависит от модальности формы, то это значит, что этот эффект накладывается после того, как форма будет отображена.

В отношении доступности pad-пунктов то же самое. Их надо создавать после того, как модальная форма будет отображена. Ну, или попробовать "передернуть" основную линейку меню после активации формы командой вроде

ACTIVATE MENU _MSYSMENU NOWAIT

"После активации" - надо понимать буквально. В методе формы Activate

Крайне не желательно делать в качестве pad-пункта некое действие. В основной линейке меню не должно быть "кнопок". Там должны быть только вызовы выпадающих меню. Пусть даже из одного пункта. Просто разные "глюки" с доступностью как раз и случаются в тех случаях, когда нет раскрывающегося меню.