Можно, но занудно.
Делаешь дополнительный промежуточную программу, скомпилированную на сторой версии FoxPro, с возможностью подхвата действующих индексов (в старой версии).
И все операции по изменению полей, работающих с индексами, добавления записей, пропускаешь через эту промежуточную программу.

Например у меня есть база на Clippere (ntx индекс), я работаю на VFP 9.1, надо постоянно закачивать в действующую базу. Я написал на clippere простейшую программу изменяющую или добавляющую записи в базе (естественно открыв в начале индексы).