вариант                                       плюсы                                      минусы

1 Файлы хранятся в BLOB и                     "автоматически", т. е. средствами СУБД     возможно большой объем базы, что следствием имеет
  и отдаются через select соответственно      обеспечены целостность всех данных         большие времена backup и restore
                                              и транзакционность операций с ними

2 Файлы хранятся в файловой системе сервера,  сравнительно небольшой объем базы          целостность и транзакционность не обеспечены,
  но отдаются (возможно, и загружаются)                                                  в том числе и для backup, однако их можно попытаться
  посредством udf через sql-соединение                                                   поддержать своим ПО поверх СУБД

3 Файлы хранятся в файловой системе,          сравнительно небольшой объем базы          а) целостность и транзакционность не обеспечены,
  и отдаются параллельным транспортом                                                       и поддержка их в условиях полностью независимоых друг от друга
  (http, ftp, samba и иже с ними)                                                           методов доступа к файлам и базе (независимых по пользователям,                            
                                                                                            правам доступа, времени доступа, транспорту) представляется 
                                                                                            малореальной. Это касается и backup в первую очередь.
 
                                                                                         б) второй транспорт требует дополнительных усилий по 
                                                                                            администрированию (адреса, имена, порты, файерволы, права доступа
                                                                                            и пр. и пр.), в результате из ситуации "работает все или ничего"
                                                                                            попадаем в ситуацию "тут работает, а тут хрен"
                                                                                            с гораздо большей головной болью по поддержке