В базе хранится версия, есть отдельная тулза для постепенного апгрейда до актуальной версии (DML запросы + всякие дополнительные манипуляции).

С IBE-шным Metadata compare осторожнее, кстати. Он любит выполнять переименование поля через дропанье старого и добавление нового (с похериванием всех данных, разумеется).