Если система не в зеркале и не шэдоуится, я бы перед Save посоветовал отключить журналирование, а после Save включать. Тогда при откате транзакции система не увидит изменения и не откатит.

Если журналировани отключить нельзя, то я сделал бы отдельную систему. При удалении метод должен записать куда-то в нежурналируемый глобал (например, CACHETEMP) пару class/id, а отдельный процесс должен проверять это место и отмечать удаленными данные по этому глобалу.

А еще правильнее просто использовать не стандартное удаление, а свой метод, типа MarkDeleted, при этом заглушку в %OnDelete оставить. Потому что откат транзакции - очень дорогая процедура, и строит на ней штатные механизмы неправильно.

Способ Ptn (tcommit tstart) хоть и изящный, но я бы побоялся его использовать, из-за возможных неявных эффектов. Например, что-то может происходить до tcommit (в этом или следующей версии Каше), при этом вы эти изменения закоммитите.