не совсем понятно на каком языке страница вашего сайта, да и главная тоже что то не то
перебрал несколько кодировок, и все равно не угадал
думаю вам бы надо почитать про указание кодировке в HTML и правильно их сохранять

и консольное сравнение файлов, особенно в кашевом терминале может быть не очень удобным, лучше уж вебовский

но и опять же, я в работе использую систему хранения версий MS VSS, использую встроенное там сравнение версий файлов, выглядит вполне ничего
пробовал еще сравнивать, с помощью утилитки в составе TortoiseSVN

файлы разумеется в формате стандартном формате XML, и разумеется экспорт с опциями /diffexport, чтобы в файл не вставлялось последнее время редактирования