Это очень легко: для этого нужно откатиться или на нужную метку или на нужное время (когда еще файл или папка существовали).
- в клиенте StarTeam выбираете пункт меню View - Select Configuration...
- в открывшемся окне выбираете либо конфигурацию помеченную меткой (Labeled Configuration) и в выпадающем списке выбираете метку, в которой ваш файл или папка еще существовали, либо выбираете конфигурацию на указанную дату и время (Configuration as of), опять же задав дату и время, когда ваш файл или папка еще существовали
- в списке файлов находите нужную вам папку или файл и восстанавливайте ее (Check out)...
- опять кликаете View - Select Configuration... и выбираете Current Cоnfiguration
- в списке файлов восстанавливаемые файл/папка будет в разделе Not In View. Делаете Add...

Только вот история восстановленных файлов не будет восстановлена. У файла будет номер версии - 1.

Чтобы сохранить историю версий можно, в принципе, помудрить с бранчами...