Dimitry SibiryakovНасколько я понимаю, GIT имеет идеологию единственной рабочей копии, поэтому работать параллельно с двумя разными бранчами приходится постоянно между ними переключаясь.

Да хоть 10 копий.
Более того, вот у меня сейчас есть репозиторий, где prod-ветка и master так разъехались, что переключение между ними быстро сводит с ума IDE. Поэтому у мепня две копии :)

Dimitry SibiryakovВопрос: что идеологи рекомендуют использовать для временных/промежуточных (например, объектных) файлов, используемых при сборке проекта? Отдельные каталоги на каждый бранч? Полная чистая пересборка после каждого переключения?

Добавить их в .gitignory и да, чистить. Либо, если компилятор тормозной (типа С++) - завести N копий репозитория.
stash/unstash всё же для исходников- бинарники хранить в репозитории негуманно.