Как насчет вики?

Конечно вика не идеал. Но первоначальный список требований был: структурирование, версионность, дифы, таблицы, оформление, простой интерфейс. Это все в вике, насколько я понимаю, есть штатно. Бесплатность тоже наверное не помешает. Дополнительный профит: когда народ освоит вику, он придумает как ее использовать еще для массы самых разных вещей.

Что касается нового списка требований:
- С реструктурированием проблем не вижу. Держим фрагменты на отдельных страницах, компонуем их на сводной странице-оглавлении.
- Да, сложные операции с таблицами типа указанной потребуют усилий, которые могут оказаться неподъемными для рядовых польхователей. Но такие операции встречаются не так уж часто - иногда придется обращаться за помощью к эксперту, ничего страшного.
- Сборка документа в единое целое, пригодное для печати. Пожалуй единственное, где в этом варианте придется приложить руки. Но задача не выглядит слишком сложной. Можно поискать для этого готовый плагин, можно самому написать. Чтобы к бесплатному средству вообще не прикладывать руки - это было бы слишком хорошо.