metosЗадался вопросом перемещения одной папки из SVN-репозитория A в SVN-репозиторий B. Но вот никак не пойму как вместе с содержимым папки переместить и историю изменений.

Скорее никак.

metosТак же интересует такой вопрос: почему при переименовании папки в SVN или GIT "теряется" история изменений содержащихся в этой папке файлов?

Надо не переименовывать, а переносить файлы поштучно, тогда история сохранится. Вроде как нормальные средства разработки поддерживают это (т.е. если переименуешь там- всё корректно в git отобразится - в IDEA точно).