авторПонятно(?), что информация имеет *цать измерений. Документы не дублируются, а на них создаются ссылки.
По видимому, Вы используете файловую систему или архив без карточки документа.
При таком подходе очень сложно решить данный вопрос. Я свое время не смог.
Уровень в команде как правило очень разный, иначе чревато...
и, как следствие, большая часть либо "гадит" с струтуру, либо не может ничего найти.
При использовании атрибутивного описания документа проблема размещения и поиска уходит.
Найти можно всегда (при условии заполнения карточки). Складывать можно в правтически любую структуру (хоть в куче).

авторЯ не всегда способен (отсутствую - "в бегах", "болею", "занят" и т.д.) дать ссылку по запросу
автора их положить в струкутру свойственную "владельцу" (и не важен его уровень, главное чтобы в маленьком, но своем объеме он сам не парился)
Тут наблюдается несогласованность требований.
Вы уж определитесь с приоритетами.
Вам же на сама деле необходимо обеспечить многократную ПЕРЕДАЧУ документа между персонами, а ПОЛОЖИТЬ и НАЙТИ - это уже декомпозиция.

авторразрезать "кучу" на "подкучи по владению", а их положить в струкутру свойственную "владельцу"
Чем это действо отличается от заведения атрибута "владелец"?
Кучу разрезать необходимо, сомнений нет. Но при условии, что это значимо сокращает время поиска.
Имея множество высокоэффективных индексов к куче, решение ничуть не хуже, а м.б. даже лучше (нет необходимости посторять поиск в другой подкуче).

И что Вам сложнее? Разработать атрибутику или сменить архив?

Пакет проектов. Тоже вещь не ординарная. Пакеты разные бывают
-имеем платформу, разрабатываем модули, продаем комплектации;
-несколько проектов должны сростись в единый портал
-кастомизация реализации продукта (не путать с первым примером), тут необходима функциональная версионность, а не историческая.
-проекты связаны только процессом разработки
-проекты разрабатываются на одной технологической архитектуре
тут я не силен особо, тема для меня не актуальная, но подумать есть над чем
------
Любое продаваемое решение обладает свойствами уникальности (иначе как бы оно выдержало конкурс?).
Понятно так же, что выработано это решение (или соответсвующим образом представлено) под конкретного заказчика.
авторприятно "думать", что наши подсобы "всем подсобам подсобы".
Редкий случай, хочу заметить.
Обычно отношение к собственным проблемам как к вспомогательным бизнеспроцессам, со всеми вытекающими. Выработанные решения в таких случаях не обладают полнотой покрытия.

Что тут можно посоветовать? Отнеситесь к проблеме не как к второстепенной. Отнесите управление архивом к категории основных на некоторое время, например на день. Сделайте это проектом и проверните по стадиям.
Как подходить? Например начните с себя: Спросите себя "ЧТО я ищу?" и "КАК я хочу это найти?".
Заставьте делать это команду. Сделайте опросный лист (пока его составляете найдете 60% решения). Глумлюсь чуть-чуть :)

При всех входящих (пакет проектов, варианты версионности (историческая/функциональная), пакетирование документации, передача документа), Вы готового решения не найдете.
Разрабатываете уникальное, именно для Вас актуальное, решение - открывате внутренний мини проект.

и еще:
авторразрезать "кучу" на "подкучи по владению", а их положить в струкутру свойственную "владельцу"
это абсолютно противоречит
авторА вот структура портфеля проектов
В то что вдладельцы и проекты в портфеле не пересекаются не поверю ни за что.

Это замечание, конечно, не приближает Вас к решению задачи,
но может быть полезно, т.к. Вам, ИМХО, в первую очередь необходимо изменить подход к решению.
А само решение Вы выработать вполне способны, поскольку часть его уже есть в вопросе.