AzartВ старой конторе юзали BugZilla, из + можно отметить гибкую систему настроек свойств тестируемой программы(версии, релизы, язык и т.д.), из - не совсем удобный интерфейс, он нормальный, но можно и лучше было сделать.

В новой конторе используем TestTrack Pro, из + хороший интерфейс, удобно работать, из - были глюки с присвоением статуса багу(он поппросто не присваивался), но теперь их нет, хз почему :). И мне показалось, что мало настроек, хотя для моей работы сейчас их хватает, а вот на старой работе их бы не хватало.

Вроде они обе бесплатные. Веб сайт последней - http://www.seapine.com , а первой не помню.
Багзиллу можно найти на www.mozilla.org
А вот по поводу бесплатности TestTrack Pro - на их ресурсе сказано Trial 30 days, из чего следует, что она все таки денег стоит, хотя по скриншотам красиво :)