Igor Makaryev1) То есть предлагаете просто работать с одиночным instance-ом MS SQL? (ну, в крайнем случае завести FailoverCluster для надёжности)
В начале - да. У вас все равно сейчас нет опыта и навыков для разработки масштабированного решения. И если это стартап, то важнее скорость выхода на рынок.
Ну и кластер не факт, что вам нужен, зависит от стоимости простоя. Впрочем, давно не смотрел на администрирование MS SQL, как там сейчас реализуется схема Active-Standby не знаю.

2) Вот как раз решили задуматься с самого начала над тем, чтобы не пришлось переписывать.. Возможно, действительно лучше сделать на MS SQL, а затем, если возникнет необходимость, смигрировать на другую СУБД.

Масштабируемые системы - это не только выбор СУБД, это выбор почти всех проектных решений. Которые, даже при наличии опыта, заметно увеличивают стоимость разработки. На раннем этапе, при запуске стартапа, важнее всего быстро выйти на рынок. А уже потом, если стартап взлетит, можно будет тратить ресурсы на масштабирование. Но при этом уже ресурсы будут, наймете какого-нибудь специалиста, благо их довольно много.

В конце концов, если делать систему на 1e6 одновременных пользователей, то C# изначально неудачный выбор и придется переписывать почти все. Но вообще я не видел систем, которые не пришлось бы переписывать )


3) Хм, а почему невозможно?
Потеря данных не сверхкритична (всё же не банковская система), а вот доступность важна (собственно, выше я писал про пользователей).
Доступность - это сложная и многокомпонентная штука. Например, в Рунете даже три девятки мало какой ДЦ реально обеспечит, значит нужно размазывать систему по нескольким датацентрам. Но тут монго (да и любое другое решение) автоматически не спасет, все равно нужно думать о целостности данных, что и как и где будет храниться и т.п.
Но это все задачи на будущее, особенно если нет опыта.

С сисадминами под монго отдельная проблема: система молодая, сырая (я не слышал ни об одном реально наруженном продакшене монго, где бы не потеряли данных), книг и документации мало. Поэтому свободного рынка опытных админов-специалистов еще нет. Зато есть куча ньюбов, которые говорят, что монго - это круто, но даже не представляют, а как там внутри все устроено, как именно там обеспечивается надежность и т.п. Увы, только документации "как сделать" - мало, надо еще понимать, а что, как и когда в реальности пишется на диск )

Т.е. крутого DBA под DB2 или PostgreSQL или Oracle я могу найти за разумное время и за разумные деньги. И даже смогу обеспечить "аудит" его знаний - рынок достаточно развит. С монго - увы. Но это уже точка зрения не программиста, конечно, а тех.дира. Для программиста же монго - это способ не учить SQL и пользоваться как-бы "магией".