Думаю лучший способ показать что 1С людям неудобна, то это заставить поработать на ней.

В данном случае насколько я понимаю речь идет о первоначальном внедрении системы.
Вопрос сколько под это выделяется денег. Действительно 1С не подарок даже в отношении выполнения требований законодательства. Но могут ли они потянуть Аксапту?. И уж тем более представляете ли вы сколько труда стоит с "нуля" описать все бухгалтерские проводки и операции. И не забудьте про геморрой с кривыми остатками если на данном предприятии царит организационный хаос

Вот когда предприятие вырастет, автоматизирует свой документооборот. Когда ткнуы по конкретному товару можно будет точно сказать сколько его лежит на складе в гондурасе на таком то стелаже. Когда появятся тормоза и прочие "это невозможно нормально сделать на 1С", то тогда можно внедрять либо хорошее ЕРП приложение либо создавать собственный продукт средствами уже имеющейся к тому времени команды ИТ.