2 aou

>Сомнений нет - алгоритмы сложные. Вопрос состоит в том, возможно ли средствами СУБД сузить круг обрабатываемых цепочек?

Можно конечно, я же говорил как. Классифицируй последовательностьи, сложи эту информацию в таблицы и используй их при поиске. Но классификатор будет сложный и предметно-зависимый, его в любом случае нужно будет строить руками с привлечением специалиста в предметной области. Это основная проблема, а не то, как его сложить в РСУБД. Свести все к одному индексу точно не удастся, забудь об этом. По большому счету к конкретной технологии баз данных (РСУБД, ООБД, АБВГД, ...) это отношения не имеет и поэтому до лампочки, используются ли РСУБД или что-то другое, везде будет одинаково плохо.