Вам нужно СУБД с шифрованием файла БД. Sybase SA умеет это, есть однопользовательская версия и версии для наладонников. Поддерживает навороченную репликацию из коробки. Удовлетворяет всем требованием кроме бесплатности ;). Собственно ее флагманский сегмент как раз в такого рода решениях.
А если вам бесплатность нужна, то конечно смотрите SQL Lite, firebird, локальные версии от MS.