Среди линухов врядли, т.к. ядро одно ведь, а вот *nix и винды сравнивать есть смысл. Юзаю FireBird. Запускал свои расчёты на RH 7.3 и win2000\XP - под линухом раза в 3 крутилось быстрее. Точно не засекал, но под виндами я успевал пойти покурить, возвращался и ждал ещё, а под линухом отлить (прошу прошение) ходил, возвращался и всё было готово. А отливаю я гораздо быстрее чем курю :))
Причём клиентское приложение у меня под винды написано. Сервер на этой же тачке. Когда под линухом сервер крутился, стояла VMWare, на которой крутилась винда и из той винды работало клиентское приложение, которое запускало расчёт. Меня очень удивила сначала такая разница, а потом я от многих подобное услышал и пришёл к выводу, что диспетчер задач и менеджер памяти в линухе намного лучше. То же могу сказать про FreeBSD. С другими OS не сравнивал.
В общем в заключении могу сказать что в большинстве случаев логично ожидать что под *nix системами приложения будут крутиться быстрее.