Если вам удастся изначально в используемом CASE(ErWin например) держать две DBMS в одной диаграмме, то в принципе перелопачивать все не придется, старайтесь не ипользовать специфические конструкции для серверов, например (Connect by в Oracle для работы с иерархиями).
Саму модель данных, без хранимых порцедур, достаточно легко перевести с одной dbms на другую.