Свой первый миллион я заработал на 1С ;-), знаю, что это за болото. Иерархия там действительно ужасна, но я не об 1С.
Попробую прояснить за иерархические таблицы в своих проектах.
1. Так как пишу в одно рыло, то для меня создавать связку для справочника "ГРУППА-ЧЛЕНЫ_ГРУППЫ" из двух таблиц весьма накладно, это не только одна лишняя таблица, но и вся обвязка из триггеров, внешних ключей. Кроме того, для предоставления пользователю на форме нужно дополнительное место.
2. Часто бывает, что неожиданно требуется не двух-уровневая иерархия, а трёх-уровневая. Тогда снова за компьютер, кодировать.
3. Наследование. Да, да - наследование, и это очень круто. Если у вас иерархия, то автозаполнение свойствами нового подчиненного элемента не представляет никаких трудностей ни для программиста, ни для пользователя. Вы просто берёте все свойства из родительского узла, при необходимости корректируя нужные поля.
4. Каскадные изменения. Как часто я проклинал 1С, когда открывал в ней ветку справочника, а там несколько сотен элементов и в каждом надо было поменять однотипный параметр!!!. Не знаю, сейчас это как-то автоматизировали, или нет, но тогда это было невозможно. В своих справочниках для полей я могу поставить признак "КАСКАД", пользователю это поле представляется красным цветом, чтобы был осторожен. Но в одно действие в иерархическом справочнике пользователь может поменять несколько десятков тысяч записей.
5. Групповые операции. Тут всё понятно, зацепил мышкой корневую запись, или двинул куда надо, или обработал.
6. Компактность представления. Справочник на несколько тысяч позиций начинается всего с нескольких строчек.

Стоимость "дерева".
Под стоимостью понимаем ресурсы сервера, сети. Как ни странно, но иерархия более экономична, поскольку в дерево на клиенте выкачивается только необходимая информация из нужной ветки(веток) , а не вся справочная таблица.

Так что изначально все справочники я планирую как иерархические, а там пригодится-не пригодится.

Сталкивался с такой бедой.
Решения было два, либо СУБКОНТО, либо выносить иерархию в отдельную таблицу.
Т.е. для продажников есть дерево ПРОДАЖНИК, где всего три поля Parent_ID, ChildCount, Ссылка на плоскую основную таблицу,
для Для Бухгалтеров такая-же таблица БУХГАЛТЕР. По обстоятельствам с основной таблицей джойнится либо одна, либо другая таблица.