У любых данных должен быть owner, и, соответственно, срез данных этого owner'а (вместе со всеми ключами, etc/)- это golden source. Те кто берет данные не у owner'а (откуда-то извне, ведут свою копию, ...) - сами себе злобные бакланы и виноваты во всех возможных нестыковках. Если все берут данные owner'а , но все равно получаются нестыковки - виноват owner.
У разных данных, естественно, могут быть разные owner'ы, поэтому единый на организацию отдел по загрузке данных - на мой взгляд, утопия, которая может существовать только в очень тепличных условиях.

P.S. вообще вопрос скорее для "Разработки информационных систем", нежели для "Проектирования БД"

Cane Cat FisherКоноплиоДальше Петя грузит реестр клиентов к себе в БД MSSQL, Вася себе Оракл, а Коля живет в Excel, ему не нужны БД.
В итоге, когда готовится финальная отчетность, оказываются у всех разные списки по реестру (не бьются друг с другом на 100%).


Прежде всего, надо точно понять, почему "не бьются". Какие причины? Например:

1. Маша получает реестр каждый день, и каждый день он чуть отличается. И у Пети с Васей оказались реестры за разные дни. Вася болел, пропустил загрузку.

2. У Пети в MS SQL настроен констрейнт, чтобы Отчество было обязательно заполнено. В результате у него при загрузке отсеялись люди без отчеств.

3. Все реестры загрузились, но сверка их идет по ФИО, а в таблице по ФИО есть дубликаты. В итоге в разных программах разная логика цепляет одни платежи к разным людям.

4. У Васи в Оракле редактирование ФИО открыто для операторов, и девочка-перфекционистка исправила ряд явных опечаток в ФИО клиентов - ей рассылку делать, не отсылать же "Уважаемый Перт Пертович".

Или что еще?

Без осознания причин, любые промежуточные базы, выговоры Маше и прочие меры результатов не дадут.

Я бы сказал наоборот - без использования единой мастер-базы разбирательство в конкретных причинах - мартышкин труд, который надо будет проделывать снова и снова, а при использовании часть этих причин автоматически исчезнет, а другая - автоматически же, без специальных усилий, проявится.