Использую 7 версию, думаю и в 4 так тоже можно.

В физической модели в типе данных поля идентификатора таблицы пишу вместо INTEGER следующее:
INTEGER UNSIGNED AUTO_INCREMENT

При генерации базы данных в Referential Integrity выставляю PK в значение CREATE/PK, FK оставляю в ALTER/FK.

И вообще лучше использовать домены. Надо будет только для домена в физической модели прописать в типе INTEGER UNSIGNED AUTO_INCREMENT.
Создал:
ID_PK прописал INTEGER UNSIGNED AUTO_INCREMENT
ID_FK прописал INTEGER UNSIGNED (чтобы вторичный ключ при генерации не содержал "AUTO_INCREMENT", что было бы некорректно)