LarianВот к примеру такой случай:
Комнаты - в них группы ящиков - в них ящики - в них коробки - в них документы

То есть принцип матрешки. каждый элемент каждой таблицы уникален, поэтому нельзя вынести в отдельные таблицы типы обьектов.

И вот запрос : выбрать все документы в такой то комнате.
я так понимаю
SELECT * FROM документы
и тут 4 джоина

Такой запрос заберет много ресурсов.
Как решается вопрос оптимизации в такого рода задаче?

Я вижу пока один путь. Введение дополнительных связей. К примеру доки хранят в себе айди комнаты.
Но это не выход. При переносе ящика в другую комнату получится 2 разные ссылки.

Коррекция на триггерах решит Ваши проблемы.