А я-то думал, что сторно есть создание точно такой же операции, как сторнируемая, только с обратным по знаку количественным значением. А не убийство старого со снятием всех привязок. ;-)

А делать можно по-всякому. Кроме партии в фармацевтике есть такое понятие, как серия. От которой уж точно уйти не удастся. И туча нормативных документов от минздрава и минфина, которые двигают нас в сторону раздельного хранения по сериям плюс каждую партию отдельно. Потому что в расходных документах должен быть указан номер ГТД именно этой партии, даже если товар экспортировался за три компании до того, как был нами закуплен.
Если бы не это требование, то, по идее, товар одной серии, но разных поставок, можно было бы хранить и одной кучей. Конечно, если при этом товар учитывается по средней себестоимости, и не используются всякие хитрые способы типа fifo/lifo и подобные.
А вот пересоздавать партию при каждом перемещении смысла совсем нет. Если некая поставка есть партия А на складе 1, то почему она должна стать партией Б при перемещении на склад 2? Тем более, у партии есть атрибуты, если мы об этом еще не забыли. ;-)
Понятно, что ключ в таблице наличных количеств при таком раскладе должен быть непременно составным, а никак не суррогатным. Примерно так:
Код_товара, код_серии, код_партии (или код_серии_партии вместо двух последних, если серии в отдельную сущность "серии" решим не выделять, а пристегнем описание серий к сущности "партии"), код_склада. Соответственно, то же самое будем иметь в качестве внешних ключей и в таблице складских транзакций.

Ну, это еще вопрос, стоит ли специально хранить текущие остатки или каждый раз их вычислять.

Не советовал бы так строить процессы и в самописной системе. Потому что нефиг бардак автоматизировать.
Аж зло взяло. ;-)))
А ошибки ввода поправить - так у каждого документа должна быть возможность редактироваться, но опять же только до того момента, когда по нему ценности куда-либо не пошли.

авторНе верю, что где-то есть система, где не сделали ни одной ошибки.
Значит править надо !
Дык, за чем дело стало:
Ошибочное поступление закрываем возвратом поставщику.
Ошибочную реализацию - возвратом от покупателя.
Ошибочное перемещение - обратным перемещением.
Ошибочное списание - каким-нибудь поступлением из ниоткуда (главное, чтобы по нему нужные денежки на нужные счета попали потом).
Наконец, поскольку материально ответственное лицо из своего кармана отвечает за вверенные ему материальные ценности, именно за ним (и ни за кем другим) остается право нажать на кнопку, приводящую эти ценности в движение в системе. Потому что именно оно (лицо это) рулит и их физическими потоками. А в вашей системе что, не так? ;-)
Ну а, поскольку и это лицо иногда может ошибаться, в конце периода проводим плановую инвентаризацию. И вешаем недостачи на виновных материально ответственных лиц.
По идее, по этой же схеме, проведя инвентаризацию ошибок по причине неправильно введенных документов, нужно наказывать тех, кто за них отвечает.

Да нет, сдается мне, что это у Вас все непросто.