Я тоже задавал этот вопрос на форуме, читал документацию.
Выбрал вариант хранения двоичных данных (электронные версии документов разных форматов) в blob-полях MySQL. Проблем небыло - все работает нормально. Но все-таки решил переделать и хранить в бд ссылки на файлы, т.к. представил сколько будет весить таблица с двоичными данными, когда их много накопится. Но при хранении в файловой системе тоже пока не ясно сколько файлов может находится в директории - тоже ведь не больше определенного количества - значит надо их будет раскидывать еще и по директориям.