Если увеличить размер только идентификаторов, и считать, что все запросы используют сканирование таблицы (самый плохой случай), то "в первом приближении" можно потерю времени посчитать линейной с коэффициентом "длина_строки_таблицы_после_модификации/длина_строки_таблицы_до_модификации".

То есть, время запроса увеличится на время чтения с диска дополнительных 4 байт для каждой записи. Если число выбираемых записей невелико, то потерями можно пренебречь.

Число таблиц здесь не имеет такого значения как количестко записей в них.