Дж.Дейт во "Введении в системы реляционных баз данных" отмечает всего 3 возможных подхода к хранению данных:
Хранение первичных данных,
Хранение уже обработанных данных,
Хранение данных в промежуточном виде.

Разобьем всю базу на две части:

1) Первичные данные – документы (приходные\расходные накладные, приказы, и т.д. – описанные в законодательстве, ведомстве, предприятии основные документы, как правило имеют бумажный вариант):
- записывается целиком весь документ,
- количество документов велико,
- чтения документов происходят весьма редко.

2) Вторичные (обработанные) данные:
- при записи первичного документа происходит обработка бизнес правил – записываем изменения во вторичные данные (справочники, реестры, счета и т.д.), относящиеся к данному первичному документу.
- объем вторичных данных ограничен,
- обращения происходит достаточно часто (практически вся работа пользователей происходит с вторичными данными).

При таком подходе возможно создание «универсальной» структуры хранения учетных данных, практически без потери скорости при масштабировании (росте объема базы), поскольку, в основном, работаем с вторичными (обработанные, малый объем) данными.
Естественно теряем в объеме, но это не так критично в последнее время.
При возникновении такой «универсальной» структуры появляется возможность повторного использования не только самой структуры, но и методов работы в ней со «стандартными» документами (накладные и т.д.), перестраивая только бизнес правила.