Так ведь можно вносить изменения в существующую модель, пункт меню Database->Reverse Engineer Database, сравнивая ее либо с БД, либо со скриптами на создание этой самой БД. В принципе, PD видит, что некая таблица в каком-то пакете изменилась, и предлагает внести изменения в модель, причем можно выбрать, какие изменения вносить, а какие нет. Правда у меня, например, месторасположение оракловых sequences начинает "плыть" - при Reverse Engineer Database мне упорно предлагается вытащить их из пакета и поместить наверх, в саму модель. Определение этих изменений, которые называются "Object was moved", я бы с удовольствием отключил бы вообще, только не знаю как, хотя меня дополнительно не интересует физический порядок полей в таблице, а эти изменения лишь глаза мозолят.

Так же можно сравнить две модели PowerDesigner'а, пункт меню Tools->Merge Models или пункт Merge по контекстному меню на имени модели. Там действия совпадают с действиями по реинжинирингу. А насчет сохранения разбиений по пакетам - отключи в процессе слияния все галки на иконках с зелеными кружками, т.е. которые говорят о том, что "Object was moved".

PowerDesigner General Features Guide
PART 2. Modeling Guide
CHAPTER 13. Comparing and Merging Models
Merging models
Analyzing merge actions
Understanding merge icons

Да не такой уж и примитивный. На мой взгляд, в отладке у PowerDesigner'а таких операций как приведение модели в соответствие с другой моделью или БД для его разработчиков еще бездна творчества:)

В процессе Reverse Engineer Database ты получаешь окно "Merge Models", в котором ты указываешь, какие именно изменения ты хочешь внести в модель. Допустим, тебе нужны только комментарии к таблицам. Для этого ты сперва снимаешь галки на все изменения - вторая справа кнопка в верху окна - хотя надо проверить, может это не нужно, так, на всякий случай. После чего фильтруешь выводимые на экран изменения - нажимаешь на пятую слева кнопку, на ней еще есть всплывающая подсказка "Comparison Options". В появившемся окне 3 части - метаклассы, их атрибуты и коллекции. Ты выставляешь галки на требуемые для сравнения объекты.

Замечу, что при сравнении модели с базой для исключения объекта из рассмотрения можно снимать галки слева на метакласах (только оставь метакласс "Physical Data Model" - он нужен), либо для некоторых объектов можно убрать галки на коллекциях метакласса "Physical Data Model". Вообще-то говоря, там много чего можно отключить:)

Добейся того, чтобы в окне "Merge Models" у тебя остались только комментарии к полям. Обрати внимание на кнопку "Save as Default" в окне "Comparison Options" внизу слева - это влияет на то, с какими опциями будет проходить следующее сравнение. После чего выдели все изменения - первая слева кнопка в верху окна "Merge Models".

Меня бы очень порадовала возможность сохранения нескольких настроек - "профилей" сравнения, но, к сожалению, такого нет.

В качестве одного из вариантов можно попробовать следующее, но сам еще не проверял: я думаю, что настройки сравнения PowerDesigner хранит в реестре. Я предлагаю взглянуть на путь:

HKEY_CURRENT_USER\Software\Sybase\PowerDesigner 9\ModelOptions\Tool

и попытаться сделать следующее: настроить параметры сравнения, нажать кнопку "Save as Default", после чего произвести экспорт ветки реестра, начиная с этого ключа, или чуть глубже, с DBSynchronization\Pdm. Обозвать получившийся файл как-нибудь "мнемонически понятно" - вот тебе готов профиль сравнения. Когда потребуется им воспользоваться - загружаешь его в реестр, перекрывая текущие настройки.