Как вам будет удобнее обрабатывать конечные результаты, так и делайте.
Поскольку данные у Вас собираются и кладутся в БД через промежутки времени за которые СУБД запрос(ы) потенциально сможет обработать.

Вообще первый вариант более верный. Второй же предпочитают люди старой закалки. Тоже самое было у нас с бухгалтерией, когда начальство говорило, что все проводки надо хранить в одной таблице, а не в нескольких :-). Первый подход более свойственен для реляционной СУБД.

А объяснить попытайтесь тем, что вдруг придется менять количество выбираемых значений, то придется переписывать программу на извлечение большего числа столбцов из таблицы, а это лишнияя трата средств, нервов и времени. В то время как при первом подходе, просто увеличится количество записей, которые программа обработает и без переписывания (если она так спроектирована :-)