БД надо проектировать исходя из целей и способов ея дальнейшего
использования. То есть с соблюдением нормальных форм и здравого
смысла. А перекладывать данные - это отдельная задача.
Часто кроме просто копирования данных вводят доп. этап называемый
очисткой данных (Data cleaning) - то есть анализ исходной информации
на предмет выявления ошибок. Сие невозможно без наличия бизнес
модели (ибо неясно, что есть ошибка)
Так что надо разрабатывать как обычно, используя имеющиеся данные
для выявления типов данных и сущностей, но не заморачиваться на
имеющуюся структуру и способы хранения.
Washington Irving