Зачем? При таком подходе смысл концептуальной модели теряется! Хотите именно так - без проблем - работайте непосредственно PDM. В CDM вы оперируете сущностями и связями между ними (ER) - как это будет отражено в схеме БД - дело второе.

Ваш пример
Пусть в CDM имеються две сущности
document(id primary identifier,...) и address(id primary identifier,...)

Так вот если у вас эти сущности связаны какимто отношением - добавляйте в CDM связь (напрмер doc->address) и тогда при создании счемы БД PowerDesigner выполнит "миграцию ключа" Т.е. он создаст в address столбец, который будет FK для document

Ну можно при генерации CDM->PDM указать шаблон для FK...

tools->generate physical data model->Detail->Reference->FK column name template