А в чем собственно проблема: делаете таблицу EmployeesToEmployes со столбцами MainEmpId и SecondEmpId.... с foreign на Employees.
P.S.
Вы наверняка хотите отразить матричную организационную структуру между подчиненными -:). Если так - то лучше сразу во имя единообразия работы и интерфейса исключите рекурсивную связь и используйте EmployeesToEmployes. И введите тогда еще одну табличку с типами отношений (и ссылку на нее в EmployeesToEmployes ): и ставьте где надо тип (прямое подчинение менеджеру, матричное подчинение)