В идеале, при проектировании БД лучше сразу определить какие поля будут использоваться. Нарисовать схему, проставить связи.
Но если ваше приложение все таки предусматривает не определенное количество полей = атрибутов то тогда два совета:

1. Строить вертикальную структуру таблиц. Т.е ID поля | Значение поля. Но в это подходе есть пару минусов. Во первых необходимо будет выбирать наиболее универсальный тип поля для значения, во вторых необходимо будет выполнять дополнительную сортировку по ключу. Также нужно вести учет идентификаторов полей.
2. Писать динамические SQL запросы.

Такой подход позволит избежать головной боле при модификации структуры сущностней относительно приложения в плане целостности данных.

Ну и касательно вашего прямого вопроса - на одной не лучше, пустые поля хоть не на что не влияют, но падает ссылочная целостность всей структуры. Вы еще не знаете, что вас ждет дальше. К примеру если вам нужно проверить какой то идентификатор по полю то в двух вариантах вам необходимо выполнить разные движения:
1. Если все в одной таблице - необходимо выбрать запись и проверить значение поля на NULL.
2. Если структура раздельная - само наличие записи говорит о существовании значения.

Т.е во втором случае меньше телодвижений. Внешние ключи позволят вам контролировать наполнение и изменение данных.

Относительно медленности работы запросов - то здесь есть целая гора разные нюансов которые и влияют на скорости. И исходя из вашего сообщения, сделать какие то выводы - нереально в приницепе.