На мой взгляд, удобна такая схема:

1. Таблица счетов.
ArTranID - глобальный счетчик
ArTranType - тип счета
Amount - cумма
UserID и другие необходимые атрибуты.

2. Таблица деталировки счета.
ArTranID,
Amount,
ArAccountID и тд.

3. Таблица оплат
ArTranID - глобальный счетчик
ArTranType - тип оплаты
Amount - cумма
UserID и другие необходимые атрибуты.
и тд

5. Таблица книги продаж
ArTranID,
ArType, - тип транзакции
UserID,
ParentArTranID,
ArAmount - сумма счета или оплаты, для оплаты значение меньше нуля
ArBalance - неразнесенная сумма счета или оплаты
DebitCreditInd и тд.

6. Таблица соответствия оплат по счетам
DebitArTransID
CreditArTransID
Amount,
CurrencyRate,
Reference - номер документа

После выставления счета или поступления оплаты, данные переносятся в книгу продаж с тем же ArTranID.
При разноске оплат по счетам уменьшаем ArBalance для дебитовых и кредитовых транзакций на сумму Amount. Нулевое значение ArBalance говорит о том, что счет полность оплачен или оплата полностью разнесена.