Любые расчеты с контрагентами сопровождаются документами - накладными и счет-фактурами, платежными документами.
В счет-фактурах можно определить реквизит договор (чаще всего так и делают). В платежных документах тоже присутствуют ссылки на фактуры.

1)В качестве аналитики использовать именно документ счет-фактура или платежные документы, в зависимости от операции учета отгрузки или оплаты.
В бух проводке в качестве аналитики удобнее канечно использовать "прямые реквизиты" т.е. контрагент, товар/продукция, т.к. формировать запросы легче. Но также можно и добавить аналитичиский раздел документ, поставить его первым при заполнении и описать обработчик - при выборе документа он из его данных заполняет остальные аналитические разделы проводки.
В результате и "прямая аналитика" присутствует и есть аналитическая ссылка содержащая любую информацию о расчетах и поставках.

2)Также можно использовать другую схему. В проводке документ вводить не в качестве аналитического раздела по дебету или кредиту счета, а в качестве "документа основания", т.е. на основании какого документа была сформирована учетная запись. Используя обработчик легко можно заполнять все аналитические разделы. Очень удобно и для других проводок. Если сформировать структуру данных описывающую хоз. операцию с привязкой реквизитов документа к аналитическим разделам проводки ХО, то процесс формирования бух. проводок можно автоматизировать на все 100%.

Лично мне второй способ нравится больше. Проверено работает надежно.
Первый способ используется тогда, когда в системе отсутствуют документы и записи ХО вводятся напрямую. Но если документооборот реализоват, вариант номер 2 очень неплох.