Я бы предположил, что термин "функциональный архитектор" - это изобретение какого-то переводчика. Архитекторов обычно подразделяют на :
1. Архитектор предметной области - занимается анализом и оптимизацией бизнес-процессов в этой области, от техники обычно далек.
2. Системный архитектор - имеет кучу подвидов с различными уклонами в бизнес-аналитику и технологии. Видимо, этот и интересует. В множество его обязанностей входит в том числе выявление функциональных требований к системе в ходе тесного взаимодействия со стейкхолдерами и бизнес-аналитиками. Выделять на эту роль отдельный персонаж может иметь смысл в крупных проектах на этапе анализа (горизонтальное деление), и то спорно - предпочтительнее делить крупные проекты по функциональным признакам на подсистемы и выделять отдельных архитекторов на каждую + один супер-координатор.
3. Аппаратный архитектор - по "железу"
4. Архитектор конкретной технологии - например, архитектор БД