Нужно четко определить, сколько человек и где (только на рабочем месте или на рабочем месте + у заказчика + дома + на рабочем месте на другой работе ...) будут юзать данный инструмент. Так как, например, указанные в двух предыдущих постах монстры требуют некоторой инсталляции с правами админа Windows ... Что на деле может оказаться проблематичным :)

Я, например, уже 6 лет успешно юзаю книгу Excel для проектирования и хранения структуры сложных баз данных. На разных листах у меня - описания НСИ, рабочих таблиц, системных функций, хранимых процедур бизнес-логики, прикладных функций, триггеров и правил, вьюшек и т.д. Применяю комментирование, макросы на клавиатурные комбинации и выделение цветом и шрифтами. Ясно дело, что при работе с экземплярами конкретных БД я применяю визуальный инструмент администрирования. Поскольку работаю с PostgreSQL - то PGAdmin 3. Схема работы достаточно воспринимаема другими людьми - напарница ее же применяет, админы у заказчиков тоже довольны. Понятно, что годится только при достаточном опыте - мне графическая рисовалка таблиц и связей между ними не нужна.

С бизнес-процессами не все так гладко, так как рисовать их лучше бы бизнес-аналитику и сразу загружать на исполнение. Для этого нужны специализированные BPM-системы типа Unify или jBPM.