wewewewblest,
Не могу перенести на новую схему сущность вместе со связью.
Если перетаскиваю на схему просто связь то сущности могут дублироваться.

Перетаскивай просто связь в виде Shortcut. Она приедет в схему вместе с дублями сущностей, которые она связывает (в этом можно убедиться по нумерации дублей в заголовке в стиле "....:2").
А теперь смело удаляй ненужные дубли сущностей по одному -- и, о чудо, связь переезжает "осиротевшим" концом на изображение оставшейся сущности.

wewewewЯ не нашел где в явном виде можно указать поля по которым строится связь.
Для этого служит логическая модель, а не концептуальная.
В концептуальной подразумеваются связи от ключа к ключу. В таком виде они и появляются изначально в логической модели, при генерации её из концептуальной. А уже в логической модели можно вмешаться в поля, по которым строится связь.