prgmr_Обмен между базами.
Я понимаю, что это не совсем хорошо
Я не понимаю почему. Есть какие-то аргументы с вашей стороны против такого подхода?
Если базы на одном сервере, то вообще проблем нет.

Архитектура в виде отдельной базы "справочников" позволяет разделить операционные (динамические) и статичные данные.
Сформировать возможность раздельного обслуживания баз, в том числе бэкапирования, что в свою очередь может обеспечить более рациональное использование ресурсов.

Если справочник часто используемый - его можно "запихнуть" в кэш (многие СУБД самостоятельно это сделают), что только положительно скажется на производительности.

prgmr_закачку данных делали, у нас плохо получилось
Не совсем понял как связаны "закачка данных" и их хранение в отдельной/той же базе?

scfГлавный минус - ниже быстродействие и потенциальные проблемы с атомарностью - две базы же означают две независимые транзакции, вместо одной?

Хм... с чего быстродействие-то ниже? Если БД на одном сервере?
И про независимые транзакции не понял... Во второй базе хранится статика (справочники) - все обращения идут внутри основной транзакции. Что-то здесь не клеится...

prgmr_Меня как бы смутил такой момент - если одна база отключается, к примеру, по техническим причинам на время, то вторая уже частично не рабочая, т.к. зависимость. Ну и ссылочная целостность.
Первый вопрос - сложно комментировать. Все зависит от конторы, где работаете и как поставлено обслуживание инфраструктуры, есть ли "зеркала" и т.п.

Про ссылочную целостность - зависит от СУБД. Многие позволяют использовать т.н. proxy-tables и обеспечивать полный контроль целостности данных.