А можете скриншоты приложить обеих вариантов выгрузки? А то пока непонятно, как это выглядит.

Не понимаю, в чем проблема замазать в Paint'е реальные цифры и "текстовки" в таблицах, и выложить их, например, на ljplus.ru, как это делаю я. Вы ничего не нарушите, никакой конфиденциальности. Но дело Ваше, просто без скриншотов сложнее помочь.

Я правильно понял, что у Вас пропадают какие-то столбцы/строки, содержащие группирующие поля? Возможно, просто в самом Excel эти столбцы схлопываются. Посмотрите порядок следования столбцов. Если после "A" следует сразу "D", то это повод призадуматься.

Или, как вариант, может быть, Вы используете свертку/развертку (значок в ячейке "+") в отчете, и при выгрузке, например, какие-то свернутые поля не выгружаются.

С такой проблемой не сталкивался, пока "гадаю на кофейной гуще".