Очень вероятно, что проблема не связана с RS. Проблема состоит в прозрачной Windows-аутентификации браузера Internet Explorer на Web-сервере IIS.

Скажите-ка, у вас пользователи ходят в Web-интерфейс сервера RS по ссылке, указывая трёхчленное доменое имя (FQDN) RS-сервера или простое и короткое (без частей разделённых точкой)?

Дело в том, что по умолчанию браузер IE относит к интрасети только хосты с короткими именами (и соответственно прозрачно аутентифицирует на них пользователя по доменному аккаунту). Если хотим обращаться к хосту по FQDN и иметь прозрачную Windows-аутентификацию - надо внести имя этого хоста (либо шаблон всех доменных имён Вашей сети) в список узлов интрасети браузера IE. Для всех пользователей домена это можно сделать, настроив доменную политику.

Другой возможной причиной описанной проблемы может быть запрет средствами доменной политики для некоторых учетных записей логиниться на сервере RS... Проверьте доменную политику для проблемных пользователей.