В самих отчетах и храним запросы.

Гм, Вы почитайте документацию, в дизайнере посмотрите, какие компоненты доступны. В FR помимо самих отчетов, возможно там же кидать компоненты доступа к данным, привязывая к ним отчет, рисовать форму запроса параметров и на скриптовом языке контролировать ход построения отчета или реализовывать дополнительную логику.

P.S. Модераторам - топик неплохо бы перенести в форум по отчетным системам.