Гуглил долго и нещадно, понял только, что запихнуть макрос можно при создании отчета из Java кода задав в параметре net.sf.jasperreports.export.xls.workbook.template темплейт и генеря xls с помощью Apache POI API или JExcelApi.

Про подобную возможность при экспорте отчета в Excel из Web UI нигде ничего нет.
Также есть вопрос о возможности помимо макроса еще и кнопки в Excel запихивать.

Вопрос довольно специфичный, но вдруг кто сталкивался.

Проперти net.sf.jasperreports.export.xls.workbook.template для xls, net.sf.jasperreports.export.xlsx.macro.template для xlsx
Обе работают на стороне сервера. Путь в них нужно указывать без кавычек.