С такими сложными отчетами не сталкивался, так что просто мысли вслух.
1) Упростите отчеты. Пользователи не в состоянии адекватно просмотреть, например, миллион строк в таблице приложения (как многие программисты любят делать), так и просмотреть 1000 графиков.
2) Тормозит рендеринг сервером или же отрисовка уже клиентским браузером? Проверяется элементарно. Засеките загрузку процессора (процесс ReportingServices.exe) сервера и клиента (процесс браузера - iexplore, firefox, opera etc.)
3) Все 1000 графиков на одной странице? Если да, то разбейте отчет на страницы и минимизируйте количество графиков на одной странице.
4) Рассмотрите переход на SSRS2008. В нем сервер рендерит только текущую страницу и следующую. SSRS2005 рендерит сразу все страницы.

Полагаю, что вы действительно локализовали проблему. Т.к. может оказаться, что проблема вовсе и не в рендеринге, а, например, в источнике данных.